L'organisation du SEMIDE est basée sur un niveau administratif et un niveau fonctionnel. Le niveau administratif regroupe:

1. Le Comité Directeur

2. Le Comité de Coordination

Le niveau fonctionnel inclut:

1. Les Points Focaux Nationaux

2. L'Unité Technique

1.1 Le Comité Directeur

Le Comité Directeur est constitué des représentants de dix pays: un représentant par pays avec possibilité de rotation des pays d'une année sur l'autre, à l'exception des pays composant l'Unité Technique qui constituent le noyau stable du Comité Directeur.

Le Comité Directeur est chargé de:

1. Définir les principales orientations stratégiques.

2. Valider les résultats obtenus à chaque étape.

3. Valider le plan d'action et le budget annuel du SEMIDE proposé par le Comité de Coordination.

Actuellement, la Présidence est assurée par l'Espagne, la Vice-présidence par le Chypre et la présidence honoraire de l'Italie.

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1.2 Le Comité de Coordination

Le Comité de Coordination regroupe les représentants des  Points Focaux Nationaux et L'Unité Technique.

Actuellement, la Présidence est assurée par le Maroc et la Vice-présidence par la Malte.

1.3 Les Points Focaux Nationaux

Chaque Point Focal National est composé d'une équipe réduite travaillant au sein d'un organisme public ou parapublic chargé de tâches de mobilisation et de diffusion de la documentation et de l'information relative au secteur de l'eau.

Le rôle de chaque Point Focal National est de:

1. Participer aux réunions organisées par le Comité de Coordination.

2. Inventorier et agréer les sources d'informations disponibles.

3. Organiser les procédures de communication et d'accès aux informations labellisées.

4. S'assurer que les protocoles d'accès à l'information sont traduits et disponibles dans les langues de travail du SEMIDE (Anglais et Français).

5. Développer, lorsque nécessaire, les outils et interfaces logiciels permettant d'accéder à l'information.

6. Assurer les relations avec les usagers du pays.

7. Contribuer à l'élaboration du programme d'action annuel de l'Unité Technique.

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1.4 L'Unité Technique

L'Unité Technique est composée d'un consortium de trois opérateurs (un opérateur par pays): CEDEX (Espagne), OIEau (France), et SOGESID S.p.a. (Italie). Ces opérateurs constituent une structure permanente qui assure, avec les Points Focaux Nationaux, l'exécution du programme d'action annuel.

Le rôle de l'Unité Technique est de:

1. Proposer au Comité Directeur les principales  orientations stratégiques ainsi que les plans d'action et les budgets annuels, définis avec les Points Focaux Nationaux.

2. Coordonner, animer et apporter, le cas échéant, un appui technique aux activités des Points Focaux Nationaux.

3. Assurer les fonctions de Point Focal International.

4. Développer et gérer le serveur d'information du Comité de Coordination.

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